نحوهی صعود و سقوط تیمها در لیگ دسته دو باشگاههای کشور در این فصل به شرح زیر است:
صعود به لیگ دسته یک:
تیمهای اول و دوم گروههای 1 تا 4 (جمعا 8 تیم) به مرحلهی دوم رقابتها (که از فروردین 89 آغاز میشود) صعود میکنند و در دو گروه 4 تیمی تقسیم میشوند:
گروه الف: تیم 1 گروه 1 - تیم 2 گروه 2 - تیم 1 گروه 3 - تیم 2 گروه 4
گروه ب: تیم 2 گروه 1 - تیم 1 گروه 2 - تیم 2 گروه 3 - تیم 1 گروه 4
بعد از پایان مرحلهی دوم، تیمهای اول و دوم گروههای الف و ب (جمعا 4 تیم) به طور مستقیم به لیگ دسته یک فصل 90-1389 صعود میکنند.
تیمهای سوم و چهارم گروههای الف و ب در لیگ دسته دو فصل 90-1389 به رقابت میپردازند.
همچنین تیمهای سوم تا ششم مرحلهی اول در هر 4 گروه، در لیگ دسته 2 باقی میمانند.
سقوط به لیگ دسته سه:
تیمهای هشتم و نهم گروههای 1 تا 4 (جمعا 8 تیم) به طور مستقیم به لیگ دسته سه فصل 90-1389 سقوط مینمایند.
مسابقات پلیآف بین تیمهای هفتم به شرح زیر برگزار میشود:
1* تیم 7 گروه 1 - تیم 7 گروه 2
2* تیم 7 گروه 3 - تیم 7 گروه 4
بازندهی این دو دیدار نیز به لیگ دسته سه سقوط میکنند و برندهها در لیگ دسته دو ابقا میشوند.
تیمهای حاضر در لیگ دسته دو فصل 90-1389
32 تیم در 2 گروه 16 تیمی شامل:
4 تیم سقوط کرده از لیگ دسته یک فصل 90-1389 + 22 تیم باقیمانده در لیگ دسته دو + 6 تیم صعود کرده از لیگ دسته سه فصل 90-1389