گروه 1:
فولاد یزد 4-1 پالایش گاز ایلام (28/9/1388)
ماشین‌سازی تبریز 1-1 هپکو اراک (28/9/1388)
مقاومت تهران 1-0 سپیدرود رشت (28/9/1388)
گلچین رباط کریم 1-0 آریا سپاهان قم (28/9/1388)
(ذوب‌آهن اردبیل: استراحت)
گروه 2:
شهرداری یاسوج - پرسپولیس بجنورد (به دلیل اعتراض پرسپولیس بجنورد و ترک زمین از دقیقه‌ی 75 نیمه‌تمام ماند)
نفت اهواز 2-1 شهرداری لنگرود (28/9/1388)
نیروی زمینی تهران 1-1 پرسپولیس زاهدان (28/9/1388)
نفت و گاز گچساران 1-1 نوژن مازندران (28/9/1388)
(پرسپولیس گناوه: استراحت)
گروه 3:
شهرداری ماهشهر 0-0 استقلال قزوین (28/9/1388)
صنعت نفت نوین آبادان 0-1 گاز سرخس (28/9/1388)
هما تهران 3-1 پرسپولیس برازجان (28/9/1388)
داماش تهران 0-0 سایپا شمال مازندران (28/9/1388)
(آرد گلستان: استراحت)
گروه 4:
شهرداری زنجان 0-2 افتخار خراسان جنوبی (28/9/1388)
شهرداری شهرکرد - شهرداری انزلی (به دلیل شرایط بد جوی به تعویق افتاد)
استقلال جنوب تهران 0-0 خیبر بوژان لرستان (28/9/1388)
آرمین تهران 1-1 مقاومت مازندران (28/9/1388)
(شهرداری همدان: استراحت)