گروه 1:
آریا سپاهان قم 1-3 سپیدرود رشت (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
ماشینسازی تبریز 1-1 مقاومت تهران (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
هپکو اراک 1-1 پالایش گاز ایلام (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
ذوبآهن اردبیل 0-1 فولاد یزد (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
(گلچین رباط کریم: استراحت)
گروه 2:
نفت اهواز 1-1 نیروی زمینی تهران (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری لنگرود 2-1 پرسپولیس بجنورد (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
پرسپولیس گناوه 2-2 شهرداری یاسوج (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
نوژن مازندران 2-0 پرسپولیس زاهدان (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
(نفت و گاز گچساران: استراحت)
گروه 3:
سایپا شمال مازندران 1-1 پرسپولیس برازجان (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
گاز سرخس 2-0 استقلال قزوین (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
آرد گلستان 1-2 شهرداری ماهشهر (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
صنعت نفت نوین آبادان 0-1 هما تهران (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
(داماش تهران: استراحت)
گروه 4:
مقاومت مازندران 2-0 خیبر بوژان لرستان (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری شهرکرد 1-0 استقلال جنوب تهران (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری انزلی 2-0 افتخار خراسان جنوبی (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری همدان 0-1 شهرداری زنجان (۱۳/۱۱/۱۳۸۸)
(آرمین تهران: استراحت)