گروه 1:
گلچین رباط کریم 0-0 ماشینسازی تبریز (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
پالایش گاز ایلام 0-0 آریا سپاهان قم (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
مقاومت تهران 1-1 ذوبآهن اردبیل (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
فولاد یزد 2-0 هپکو اراک (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
(سپیدرود رشت: استراحت)
گروه 2:
نفت و گاز گچساران 4-2 نفت اهواز (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
پرسپولیس بجنورد 1-1 نوژن مازندران (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
نیروی زمینی تهران 1-0 پرسپولیس گناوه (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری یاسوج 2-1 شهرداری لنگرود (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
(پرسپولیس زاهدان: استراحت)
گروه 3:
داماش تهران 2-0 صنعت نفت نوین آبادان (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
استقلال قزوین 3-1 سایپا شمال مازندران (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
هما تهران 2-1 آرد گلستان (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری ماهشهر 1-0 گاز سرخس (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
(پرسپولیس برازجان: استراحت)
گروه 4:
آرمین تهران 2-0 شهرداری شهرکرد (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
افتخار خراسان جنوبی 2-2 مقاومت تهران (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
استقلال جنوب تهران 1-1 شهرداری همدان (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
شهرداری زنجان 3-1 شهرداری انزلی (۲۰/۱۱/۱۳۸۸)
(خیبر بوژان لرستان: استراحت)