گروه 1:
هپکو اراک 1-3 ذوبآهن اردبیل (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
پالایش گاز ایلام 0-1 مقاومت تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
آریا سپاهان قم 0-0 ماشینسازی تبریز (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
سپیدرود رشت 4-0 گلچین رباط کریم (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
(فولاد یزد: استراحت)
گروه 2:
شهرداری لنگرود 3-1 پرسپولیس گناوه (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
پرسپولیس بجنورد 0-1 نیروی زمینی تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
نوژن مازندران 0-0 نفت اهواز (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
پرسپولیس زاهدان 2-2 نفت و گاز گچساران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
(شهرداری یاسوج: استراحت)
گروه 3:
گاز سرخس 2-2 آرد گلستان (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
استقلال قزوین 1-1 هما تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
سایپا شمال مازندران 5-0 صنعت نفت نوین آبادان (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
پرسپولیس برازجان 1-2 داماش تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
(شهرداری ماهشهر: استراحت)
گروه 4:
شهرداری انزلی 3-1 شهرداری همدان (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
افتخار خراسان جنوبی 1-1 استقلال جنوب تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
مقاومت مازندران 1-0 شهرداری شهرکرد (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
خیبر بوژان لرستان 1-0 آرمین تهران (۱۲/۱۰/۱۳۸۸)
(شهرداری زنجان: استراحت)