گروه 1:
آریا سپاهان قم 1-1 هپکو اراک (6/8/1388)
فولاد یزد 3-1 گلچین رباط کریم (6/8/1388)
سپیدرود رشت 5-1 ذوب آهن اردبیل (6/8/1388)
پالایش گاز ایلام 1-0 ماشین سازی تبریز (6/8/1388)
(مقاومت تهران: استراحت)
گروه 2:
نوژن مازندران 1-3 شهرداری لنگرود (6/8/1388)
شهرداری یاسوج 1-0 نفت و گاز گچساران (6/8/1388)
پرسپولیس زاهدان 0-0 پرسپولیس گناوه (6/8/1388)
پرسپولیس بجنورد 0-2 نفت اهواز (6/8/1388)
(نیروی زمینی تهران: استراحت)
گروه 3:
سایپا شمال مازندران ۳-۰ گاز سرخس (6/8/1388) (از دقیقهی 70 به دلیل اعتراض به داوری با نتیجهی 2-1 به سود سایپا شمال نیمهتمام ماند: نتیجه با رأی کمیته انضباطی 3-0 به سود سایپا شمال مازندران اعلام شد)
شهرداری ماهشهر 2-2 داماش تهران (6/8/1388)
پرسپولیس برازجان 3-0 آرد گلستان (تیم آرد گلستان در زمین حضور نیافت: نتیجه با رأی کمیته انضباطی ۳-۰ به سود پرسپولیس برازجان اعلام شد)
استقلال قزوین 2-0 صنعت نفت نوین آبادان (6/8/1388)
(هما تهران: استراحت)
گروه 4:
مقاومت مازندران 2-2 شهرداری انزلی (6/8/1388)
شهرداری زنجان 2-0 آرمین تهران (6/8/1388)
خیبر بوژان لرستان 3-2 شهرداری همدان (6/8/1388)
افتخار خراسان جنوبی 1-0 شهرداری شهرکرد (6/8/1388)
(استقلال جنوب تهران: استراحت)