گروه 1:
ذوبآهن اردبیل 1-0 ماشینسازی تبریز (۲۱/۹/۱۳۸۸)
سپیدرود رشت 1-1 فولاد یزد (۲۱/۹/۱۳۸۸)
هپکو اراک 1-2 گلچین رباط کریم (۲۱/۹/۱۳۸۸)
آریا سپاهان قم 0-3 مقاومت تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
(پالایش گاز ایلام: استراحت)
گروه 2:
پرسپولیس گناوه 2-1 نفت اهواز (۲۱/۹/۱۳۸۸)
پرسپولیس زاهدان - شهرداری یاسوج
شهرداری لنگرود 7-2 نفت و گاز گچساران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
نوژن مازندران 1-1 نیروی زمینی تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
(پرسپولیس بجنورد: استراحت)
گروه 3:
آرد گلستان 1-1صنعتنفت نوین آبادان (۲۱/۹/۱۳۸۸)
پرسپولیس برازجان 0-0 شهرداری ماهشهر (۲۱/۹/۱۳۸۸)
گاز سرخس 2-2 داماش تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
سایپا شمال مازندران 1-2 هما تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
(استقلال قزوین: استراحت)
گروه 4:
شهرداری همدان 2-0 شهرداری شهرکرد (۲۱/۹/۱۳۸۸)
خیبر بوژان لرستان 2-1 شهرداری زنجان (۲۱/۹/۱۳۸۸)
شهرداری انزلی 3-1 آرمین تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
مقاومت مازندران 3-2 استقلال جنوب تهران (۲۱/۹/۱۳۸۸)
(افتخار خراسان جنوبی: استراحت)