گروه 1:
سپیدرود رشت 2-0 پالایش گاز ایلام (27/11/1388)
ذوبآهن اردبیل 1-1 گبچین رباط کریم (27/11/1388)
آریا سپاهان قم 0-1 فولاد یزد (27/11/1388)
هپکو اراک 1-0 مقاومت مازندران (27/11/1388)
(ماشینسازی تبریز: استراحت)
گروه 2:
پرسپولیس زاهدان 4-0 پرسپولیس بجنورد (27/11/1388)
پرسپولیس گناوه 1-0 نفت و گاز گچساران (27/11/1388)
نوژن مازندران 1-2 شهرداری یاسوج (27/11/1388)
شهرداری لنگرود 1-0 نیروی زمینی تهران (27/11/1388)
(نفت اهواز: استراحت)
گروه 3:
پرسپولیس برازجان 1-0 استقلال قزوین (27/11/1388)
آرد گلستان 0-1 داماش تهران (27/11/1388)
سایپا شمال مازندران 2-0 شهرداری ماهشهر (27/11/1388)
گاز سرخس 1-1 هما تهران (27/11/1388)
(صنعت نفت نوین آبادان: استراحت)
گروه 4:
خیبر بوژان لرستان 2-1 افتخار خراسان جنوبی (27/11/1388)
شهرداری همدان 2-1 آرمین تهران (27/11/1388)
مقاومت مازندران 0-0 شهرداری زنجان (27/11/1388)
شهرداری انزلی 2-0 استقلال جنوب تهران (27/11/1388)
(شهرداری شهرکرد: استراحت)