۳۲ تیم حاضر در لیگ دسته دو فصل 90-1389 در دو گروه 16 تیمی، تقسیم شدند.
| گروه 1 | گروه 2 |
| شهرداری لنگرود | پرسپولیس گناوه |
| شهرداری زنجان | استقلال جنوب تهران |
| ذوب آهن اردبیل | شهرداری همدان |
| مقاومت تهران | نفت و گاز گچساران |
| گل نود قائمشهر | شاهین اهواز |
| سایپا شمال | فولاد نوین اهواز |
| ماشین‌سازی تبریز | هیئت چهارمحال و بختیاری |
| شموشک نوشهر | بهزیستی همدان |
| گاز سرخس | ذوب آهن نوین اصفهان |
| نوژن مازندران | صنعت نفت نوین آبادان |
| استقلال قزوین | کوثر لرستان |
| پالایش گاز فجر جم بوشهر | نفت امیدیه |
| هما تهران | نیروی زمینی تهران |
| چوکا تالش | پرسپولیس برازجان |
| داماش تهران | گلچین رباط کریم |
| شهرداری انزلی | آریانا گستر کیش |
نحوه‌ی برگزاری:
32 تیم حاضر، به صورت دوره‌ای و رفت و برگشت به مصاف هم می‌روند.
در پایان، تیم‌های اوّل و دوم هر گروه (جمعاً 4 تیم) به لیگ دسته یک فصل 91-1390 صعود می‌کنند.
تیم‌های 13، 14، 15، 16 هر گروه (جمعاً 8 تیم) به لیگ دسته سه فصل 91-1390 سقوط می‌کنند.
تیم دوازدهم گروه 1 لیگ دسته دو با تیم سوم گروه 1 مرحله‌ی دوم لیگ دسته سه و تیم دوازدهم گروه 2 لیگ دسته دو با تیم سوم گروه 2 مرحله‌ی دوم لیگ دسته سه، جهت تعیین دو تیم سقوط کننده‌ی دیگریک دیدار رفت و برگشت انجام می‌دهند. دو تیم برنده جواز حضور در لیگ دسته دو فصل 91-1390 را کسب می‌کنند و بازنده‌ها می‌بایست فصل بعد را در لیگ دسته سه بازی کنند.
مرحله‌ی دوم مسابقات، با حضور 4 تیم صعودکننده، برای تعیین مقام‌های اول تا چهارم، برگزار می‌شود:
رده‌بندی: تیم دوم گروه 1 - تیم دوم گروه 2
فینال: تیم اول گروه 1 - تیم اول گروه 2
رقابت‌های لیگ دسته دو فصل 91-1390 شامل 28 تیم است:
4 تیم سقوط کننده از لیگ دسته یک فصل 90-1389 + تیم‌های سوم تا یازدهم هر گروه (جمعاً 18 تیم) + 4 تیم صعودکننده از لیگ دسته سه فصل 90-1389 + دو تیم برنده‌ی پلی‌آف