مرحله‌ی دوم در غیاب شهرداری زنجان آغاز شد...
مرحله‌ی دوم مسابقات لیگ دسته دو باشگاه‌های کشور فصل 89-1388، روز گذشته آغاز شد.
نتایج هفته‌ی اول مرحله‌ی دوم:
گروه الف:
شهرداری انزلی 1-1 فولاد یزد (26/1/1389)
نفت اهواز 2-0 هما تهران (26/1/1389)
گروه ب:استقلال جنوب تهران 0-0 گاز سرخس (26/1/1389)
سپیدرود رشت 4-1 شهرداری یاسوج (26/1/1389)
نتایج دور رفت مرحله‌ی پلی‌آف (پلی‌اوت)
نوژن مازندران 5-0 پالایش گاز ایلام (23/1/1389)
آرمین تهران 1-3 داماش تهران (23/1/1389)
قرعه‌کشی مرحله‌ی دوم و پلی‌آف لیگ دسته دو
قرعه‌کشی مرحله‌ی دوم و مرحله‌ی پلی‌آف لیگ دسته دو باشگاه‌های کشور، انجام شد تا زنجانی‌ها باور کنند که دیگر شانسی برای حضور در لیگ دسته یک فصل آینده ندارند...
گروه الف: فولاد یزد - نفت اهواز - هما تهران - شهرداری انزلی
گروه ب: سپیدرود رشت - شهرداری یاسوج - گاز سرخس - استقلال جنوب تهران
گروه الف:
هفته‌ی اول:
شهرداری انزلی - فولاد یزد
نفت اهواز - هما تهران
هفته‌ی دوم:
نفت اهواز - شهرداری انزلی
هما تهران - فولاد یزد
هفته‌ی سوم:
شهرداری انزلی - هما تهران
فولاد یزد - نفت اهواز
هفته‌ی چهارم:
هما تهران - شهرداری انزلی
نفت اهواز - فولاد یزد
هفته‌ی پنجم:
فولاد یزد - شهرداری انزلی
هما تهران - نفت اهواز
هفته‌ی ششم:
شهرداری انزلی - نفت اهواز
فولاد یزد - هما تهران
گروه ب:
هفته‌ی اول:
استقلال جنوب تهران - گاز سرخس
سپیدرود رشت - شهرداری یاسوج
هفته‌ی دوم:
سپیدرود رشت - استقلال جنوب تهران
شهرداری یاسوج - گاز سرخس
هفته‌ی سوم:
استقلال جنوب تهران - شهرداری یاسوج
گاز سرخس - سپیدرود رشت
هفته‌ی چهارم:
شهرداری یاسوج - استقلال جنوب تهران
سپیدرود رشت - گاز سرخس
هفته‌ی پنجم:
گاز سرخس - استقلال جنوب تهران
شهرداری یاسوج - سپیدرود رشت
هفته‌ی ششم:
استقلال جنوب تهران - سپیدرود رشت
گاز سرخس - شهرداری یاسوج
* از هر گروه، دو تیم به لیگ دسته یک صعود می‌کند.
پلی‌آف
دور رفت (دوشنبه 23/1/1389)
نوژن مازندران - پالایش گاز ایلام
آرمین تهران - داماش تهران
دور برگشت (دوشنبه 30/1/1389)
پالایش گاز ایلام - نوژن مازندران
داماش تهران - آرمین تهران
* بازنده‌ی هر بازی پلی‌آف در مجموع بازی‌های رفت و برگشت، به لیگ دسته سه سقوط می‌کند.
جدول‌های رده‌بندی 4 گروه مرحله‌ی اوّل لیگ دسته دو فصل 89-1388
جدول رده‌بندی گروه 1:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| فولاد یزد | 16 | 10 | 5 | 1 | 23 | 8 | 35 |
| سپیدرود رشت | 16 | 9 | 2 | 5 | 34 | 15 | 29 |
| مقاومت تهران | 16 | 6 | 7 | 3 | 23 | 14 | 25 |
| ماشین سازی تبریز | 16 | 4 | 8 | 4 | 22 | 19 | 20 |
| ذوب آهن اردبیل | 16 | 5 | 4 | 7 | 23 | 28 | 19 |
| گلچین رباط کریم | 16 | 3 | 9 | 4 | 14 | 23 | 18 |
| پالایش گاز ایلام | 16 | 4 | 5 | 7 | 14 | 24 | 17 |
| هپکو اراک | 16 | 3 | 7 | 6 | 18 | 27 | 16 |
| آریا سپاهان قم | 16 | 2 | 5 | 9 | 11 | 24 | 11 |
* فولاد یزد و سپیدرود رشت به مرحله‌ی بعد صعود کردند.
* آریا سپاهان قم و هپکو اراک به لیگ دسته سه فصل 90-1389 سقوط کردند .
جدول رده‌بندی گروه 2:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| شهرداری یاسوج | 16 | 10 | 4 | 2 | 23 | 10 | 34 |
| نفت اهواز | 16 | 9 | 4 | 3 | 25 | 11 | 31 |
| نیروی زمینی تهران | 16 | 7 | 7 | 2 | 19 | 12 | 28 |
| شهرداری لنگرود | 16 | 7 | 3 | 6 | 25 | 18 | 24 |
| نفت و گاز گچساران | 16 | 5 | 5 | 6 | 18 | 22 | 20 |
| پرسپولیس گناوه | 16 | 6 | 2 | 8 | 16 | 21 | 20 |
| نوژن مازندران | 16 | 4 | 6 | 6 | 18 | 20 | 18 |
| پرسپولیس بجنورد | 16 | 1 | 8 | 7 | 11 | 28 | 11 |
| پرسپولیس زاهدان | 16 | 3 | 1 | 12 | 13 | 26 | 10 |
* شهرداری یاسوج و نفت اهواز: به مرحله‌ی بعد صعود کردند.
* پرسپولیس زاهدان و پرسپولیس بجنورد به لیگ دسته سه فصل 90-1389 سقوط کردند.
جدول رده‌بندی گروه 3:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| هما تهران | 16 | 7 | 7 | 2 | 21 | 14 | 28 |
| گاز سرخس | 16 | 5 | 9 | 2 | 18 | 13 | 24 |
| استقلال قزوین | 16 | 6 | 5 | 5 | 13 | 11 | 23 |
| صنعت نفت نوین | 16 | 6 | 5 | 5 | 12 | 15 | 23 |
| سایپا شمال | 16 | 5 | 6 | 5 | 22 | 15 | 21 |
| پرسپولیس برازجان | 16 | 5 | 6 | 5 | 19 | 19 | 21 |
| داماش تهران | 16 | 4 | 8 | 4 | 19 | 20 | 20 |
| شهرداری ماهشهر | 16 | 4 | 8 | 4 | 13 | 16 | 20 |
| آرد گلستان | 16 | 1 | 4 | 11 | 13 | 27 | 7 |
* هما تهران و گاز سرخس به مرحله‌ی بعد صعود کردند.
* آرد گلستان و شهرداری ماهشهر به لیگ دسته سه فصل 90-1389 سقوط کردند.
جدول رده‌بندی گروه 4
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| استقلال جنوب تهران | 16 | 7 | 5 | 4 | 18 | 14 | 26 |
| شهرداری انزلی | 16 | 7 | 5 | 4 | 25 | 22 | 26 |
| مقاومت مازندران | 16 | 7 | 4 | 5 | 22 | 19 | 25 |
| شهرداری زنجان | 16 | 7 | 3 | 6 | 21 | 20 | 24 |
| شهرداری شهرکرد | 16 | 6 | 3 | 7 | 13 | 16 | 21 |
| شهرداری همدان | 16 | 5 | 5 | 6 | 27 | 27 | 20 |
| آرمین تهران | 16 | 6 | 2 | 8 | 15 | 16 | 20 |
| افتخار خراسان جنوبی | 16 | 5 | 4 | 7 | 17 | 17 | 19 |
| خیبر بوژان لرستان | 16 | 4 | 5 | 7 | 14 | 21 | 17 |
* استقلال جنوب تهران و شهرداری انزلی به مرحله‌ی بعدصعود کردند.
* خیبر بوژان لرستان و افتخار خراسان جنوبی به لیگ دسته سه فصل 90-1389 سقوط کردند.
نتایج کامل هفته‌ی هجدهم (پایانی) لیگ دسته دو
گروه 1
فولاد یزد 1-0 مقاومت تهران
آریا سپاهان قم 1-3 ذوب‌آهن اردبیل
پالایش گاز ایلام 1-1 گلچین رباط کریم
سپیدرود رشت 3-1 ماشین‌سازی تبریز (این بازی تا دقیقه‌ی 62 ادامه داشت که پس از به ثمر رسیدن گل سوم سپیدرود، تیم ماشین‌سازی به نشانه‌ی اعتراض به داوری زمین را ترک کرد.
(هپکو اراک: استراحت)
گروه 2:
شهرداری یاسوج 2-0 نیروی زمینی تهران
نوژن مازندران 0-1 پرسپولیس گناوه
پرسپولیس بجنورد 0-0 نفت و گاز گچساران
پرسپولیس زاهدان 0-2 نفت اهواز
(شهرداری لنگرود: استراحت)
گروه 3:
شهرداری ماهشهر 3-1 هما تهران
سایپا شمال مازندران 3-1 آرد گلستان
استقلال قزوین 1-0 داماش تهران
پرسپولیس برازجان 2-0 صنعت نفت نوین آبادان
(گاز سرخس: استراحت)
گروه 4:
شهرداری زنجان 0-3 استقلال جنوب تهران
مقاومت مازندران 4-1 شهرداری همدان
افتخار خراسان جنوبی 0-1 آرمین تهران
خیبر بوژان لرستان 0-0 شهرداری شهرکرد
(شهرداری انزلی: استراحت)
صعود ممنوع؛ استقلال جنوب تیر خلاص را زد؛ شهرداری از صعود بازماند
استقلال جنوب تهران، موفق شد در بازی هفته‌ی پایانی خود در ورزشگاه کارگران زنجان، تیم شهرداری زنجان را با 3 گل شکست دهد و شگفتی هفته‌ی پایانی را رقم بزند.
به این ترتیب شهرداری زنجان می‌بایست یک فصل دیگر در لیگ دسته دو باقی بماند.
این شکست در حالی رقم خورد که شهرداری حتی با یک تساوی به مرحله‌ی بعد صعود می‌کرد، اما با این شکست در جایگاه چهارم قرار گرفت و همه‌ی امیدهای زنجانی‌ها را به باد داد...
شهرداری زنجان 0-3 استقلال جنوب تهران
گل‌ها: سجاد شیخی (15، 51)، مصطفی بیات (75)
بازی رفت: استقلال جنوب تهران 0-2 شهرداری زنجان